Der Selenter See ist der zweitgrößte See in Schleswig-Holstein und der zweitgrößte des Kreises Plön. Er besitzt ein asymetrisches relativ kleines Einzugsgebiet, dass überwiegend landwirtschaftlich genutzt wird. Neben den Zuflüssen ist der unterirdische Grundwasserzufluss von großer Bedeutung für die Wassermenge und -qualität. Der Selenter See weist als eine Besonderheit zwei Abflüsse auf. Die Mühlenau stellt hierbei einen natürlichen Abfluss dar, während die Salzau/Hagener Au durch einen künstlichen Durchstich bei Fargau vom Selenter See gespeist wird. Hier befindet sich auch ein Stauwehr, dass der Regulierung des Wasserabflusses dient. Der Abfluss durch die Mühlenau ist dagegen unreguliert, wird aber durch ein Aalwehr bei Pülsen - je nach Wartung und Betrieb - mehr oder weniger behindert. Zur gezielten Wasserbewirtschaftung wurden im Auftrag des Kreises Plön zwischen 1993 und 1996 Niederschlags- und Abflussuntersuchungen durchgeführt. Der Selenter See zeichnet sich mit Ausnahme der Giekauer Bucht gegenüber den meisten anderen beobachteten Gewässern durch eine sehr geringe Nährstoffbelastung aus. Zudem ist er einer der wenigen Seen der Region, die als mesotroph eingestuft werden können. Aufgrund seiner hohen Windexposition ist der Selenter See trotz seiner großen Tiefe zumeist nicht stabil geschichtet und weist somit relativ warmes Tiefenwasser auf. Der Nordteil des Selenter Sees und seine Umgebung stehen seit 1978 unter Naturschutz und stellen mit einer Fläche von mehr als 705 ha das größte zusammenhängende Naturschutzgebiet des Kreises Plön dar. Der Uferbereich ist hier durch eine Röhrichtzone geprägt und wird streckenweise von ausgedehnten Erlenbruchwäldern eingefasst. Auch durch die umfangreichen Verlandungszonen dient es verschiedenen und teils seltenen Wasservogelarten als Brut-, Mauser- und Rastbiotop und ist dadurch eines der ornithologisch bedeutendsten Gewässer in Schleswig-Holstein. Zudem existieren auch außerhalb der festgesetzten Grenze des Naturschutzgebietes sowie am Südufer einige in diesem Zusammenhang bedeutsame Zonen. Der gesamte See mitsamt seinen naturnahen Uferbereichen ist FFH- und EU-Vogelschutzgebiet.